生物發酵罐是一組生物體生長繁殖的過程，培養基是為微生物和細胞的生長繁殖以恒定速率制備的一組營養物質。正確的培養基配比是通過不斷實踐、調整和改進選擇的正確組合，其基本成分由碳源、氮源、無機鹽等組成。有必要清楚地說明酶學培養基的理化性質和制備方法。培養基制備后的滅菌方法必須是加熱滅菌或過濾滅菌。還應說明配料罐的尺寸和攪拌方式。影響發酵工程過程的主要因素有：
1、溫度對生物發酵罐的影響。  影響微生物和細胞生長發育的主要因素之一主要是溫度。適中的溫度是培養大多數微生物和細胞的必要條件。因此，一般需要控制發酵液的溫度。培養過程根據品種和生長階段，盡可能控制生物發酵罐內的溫度，選擇更合適的培養溫度，以確保發酵過程順利進行。
2、pH值對發酵工程的影響  發酵液的pH值直接影響微生物和細胞的生長繁殖。發酵工程培養基類型和微生物和細胞代謝影響發酵液的pH值必須時刻調節和控制發酵液的pH值，以保證生物發酵罐的正常運行。有很多方法可以通過直接添加酸和堿、選擇合適的培養基或添加不影響發酵的緩沖液來進行調整。
3、氣泡對發酵工程的影響  在發酵項目中，大量的氣液混合物被引入到培養基中，因此發酵過程中容易因曝氣和機械攪拌而產生氣泡。產生大量泡沫不僅會降低填充率，逃出生物發酵罐，也改變了發酵液，從排氣管或軸封處降低了相應的動力和曝氣效果，抑制了生物體的生長和繁殖。以生物代謝過程產生的無菌空氣和氣體為分散相，培養連續相形成的氣泡可以通過機械方式或加入化學消泡劑去除。
生物發酵后，有些生物發酵罐收集發酵液的上清液，有些則收集固體。無論是收集液體發酵還是固體發酵，都需要進行固液分離。發酵工程中常用的方法有離心、板框過濾、圓盤過濾和膜分離等。可根據發酵液的粘度、固形物、菌絲形態等物理性質選擇合適的分離方法，為下一步的提取和純化準備。